La Laguna San Rafael posee una superficie de 123.1 km2. Esta laguna es de origen proglaciar, es decir, se formó por el retroceso del glaciar San Rafael.
La Laguna San Rafael alberga una rica gama de aves, marinas y terrestres; entre las que se destacan el albatros ceja negra, el pato huala, los cisnes cuello negro entre muchos otros. También, es posible observar chungungos y elefantes marinos.
Es un importante destino turístico, todos los días zarpan hacia los alrededores de la laguna barcos desde el Puerto Chacabuco y Puerto Montt, para contemplar la belleza del lugar y ver los impresionantes trozos de hilo que se desprenden del glaciar.